Japan-Places.com hat ca. aufgelistet 133 Naturkundemuseen im Japan. Einige der am besten Naturkundemuseen im Japan sind- Museum des begrabenen Waldes von Uozu, Kanna Dinosaurierzentrum, Kashihara-Insektarium, Städtisches Museum für Naturgeschichte in Ichikawa, Naturmuseum der Präfektur Shimane am Mt. Sanbe „Sahamel“, Museum für Natur und menschliche Aktivitäten Hyogo, Museum für Natur und menschliche Aktivitäten Hyogo, Stadtmuseum Mikasa, Stadtmuseum Mikasa & Toyohashi Museum für Naturgeschichte.