Japan-Places.com hat ca. aufgelistet 133 Naturkundemuseen im Japan. Einige der am besten bewertetenNaturkundemuseen im Japan sind- Dinosauriermuseum der Präfektur Fukui, Museumspark Naturmuseum der Präfektur Ibaraki, Museumspark Naturmuseum der Präfektur Ibaraki, Kitakyushu Museum für Naturgeschichte und Menschheitsgeschichte, Museum für Naturgeschichte der Präfektur Kanagawa, Das Große Hanshin-Awaji-Erdbeben-Denkmal für Katastrophenvorsorge und Humanrenovation, Gunma Museum für Naturgeschichte, Präfekturmuseum Mie, Naturmuseum der Präfektur Saitama & Museum für Naturgeschichte der Präfektur Wakayama.